Nevynechateľnou súčasťou seriálu Naruto sú nindžovské boje. Nindžovia bojujú veľmi často, či už tréningovo, na skúške, alebo s nepriateľom počas misie. Nindžovia používajú v boji rôzne zbrane, najčastejšie však „kunaie“ a „šurikeny“. Okrem zbraní nindžovia v boji používajú rôzne techniky, tzv. „džucu“. Pre použitie nejakej techniky je potrebné využiť svoju energiu, čakru.
Džucu sa delí na:
- Tajdžucu
Bojuje sa telom a nepoužívajú sa pri tom žiadne špeciálne techniky či ilúzie. S tajdžucu sa spája „boj bez zbrane“ (ang.: hand-to-hand combat). Bez taijutsu sa nezaobíde žiaden nindža, to je základ. Pri tajdžucu sa však tiež používa čakra. Môže to byť napríklad na zlepšenie vlastností svojho tela, alebo na presnejšie smerovanie svojej čakry do určitých bodov tela. Tajdžucu spočíva na prirodzených obratoch tela a nemá nijaké predurčené postoje. Jeho cieľom je zničiť protivníka čo najúčinnejšie a s najmenším počtom pohybov. Majstrom tajdžucu sú napríklad Rock Lee alebo Gai.
- Nindžucu
Najničivejšie techniky pochádzajú práve z tejto kategórie. Pre každé nindžucu je potreba nejaké množstvo čakry. Najzákladnejšie techniky ako „Premena“ (jap.: Henge; ang.: Transform), „Klon“ (jap.: Bunšin; ang.: Clone), či „Náhrada“ (jap.: Kawarimi; ang.: Replacement) sa v Listovej dedine učia ešte v akadémii.
Princípom nindžucu sú dve časti. Prvou je elementárna rekompozícia (druhy elementov sú oheň, vietor, blesky, zem a voda) a druhou spektrálna kontrola. Spojením týchto dvoch techník sa dá vytvoriť najmocnejšia z techník v celom svete. O toto sa snažil aj „Štvrtý hokage“, ktorý však neuspel. Narutovi sa túto techniku podarilo vytvoriť z polovice (známa aj ako „Rasen šuriken“), čím sa stal mocnejším než Kakaši.
Niektorí nindžovia ovládajú dva elementárne druhy techník, ktoré sa nazývajú pokrvné techniky (jap.: Kekkei Genkai; ang.: Bloodline limit). Väčšina nindžov ovláda len jeden druh a tí, čo ovládajú až dva majú možnosť stať sa džóninom. Majitelia „Rin Neganu“, pokrvnej techniky, najmocnejšieho „dódžucu“ (slovensky: technika očí, napr. šaringan, bjakugan, rin negan), z ktorého pochádza nindžucu samotné, dokonca ovládajú všetky.
- Gendžucu
Táto skupina techník umožňuje nindžovi využívať ilúzie na pomätenie alebo vystrašenie súpera. Postupom je napadnúť zmyslové orgány obete (najčastejšie pomocou očného kontaktu), infikovať ich vlastnou čakrou a následne ich oklamať. Pri používaní týchto techník je vždy potrebné použiť nejaké médium. Itači Učiha, jeden z najväčších majstrov gendžucu používa okrem „šaringanu“ ako médium svoj prsteň. Zrušiť gendžucu sa dá niekoľkými spôsobmi, a to zvonka alebo zvnútra. Zvonka je to najjednoduchšie bolesťou, vďaka nej sa najľahšie človek dostane von z ilúzie. Potom je to možné riešiť aj technikou zvanou ako Zrušenie (jap.: Kai; ang.: Dispel), ktorá patrí medzi základné techniky. Tieto techniky buď použije niekto zvonka, alebo to môže spraviť aj sám napadnutý. Je to možné pomocou sústredenia svojej čakry a jej následného uvoľnenia.